-Museo de Arte Moderno (SFMOMA): Ofrece una variedad de obras de arte contemporáneo europeo y americano. Lo mejor de su colección permanente es la escultura, la pintura y la fotografía (con trabajos de Andy Warhol, Jackson Pollack y Georgia O´Keeffe) americana del siglo XX. Cierra los lunes. Se cobra entrada.
-Cartoon Art Museum: Exibiciones de todo tipo de cómics y dibujos animados. Se ofrecen clases de dibujo los sábados por la tarde. Entrada gratuíta.
-Museo marítimo: Se exhiben muchas especies marítimas.
-Museo del tranvía:Representa la historia de este medio de transporte y alguno de sus modelos.
-Museo de Bellas Artes de Young: Reapertura a finales de 2005 en el Parque Golden Gate. Exhibe grandes obras de la cultura americana.
-Museo de la Diáspora Africana: Ubicado en la planta baja del hotel St Regis. Sus obras ayudan a acercar a África, la Diáspora Africana y la comunidad mundial mediante sistemas de comunicación innovadores.
-Museo Judío Contemporáneo: Con exhibiciones de arte, música, filmes, y literatura, este museo explora el espíritu Judío a través de la expresión creativa.
-Exploratorium: Cientos de exhibiciones interactivas.
-Legión de Honor: Bellísima colección de arte antiguo y Europeo.
-Museo de Arte Asiático: Uno de los más grandes museos en el mundo occidental dedicado al arte Asiático. Abarcando 6.000 años de historia.
-Museo GLBT: El museo de los Homosexuales, Lesbianas, Bisexuales y Transexuales. Presenta la historia de estos grupos, incluyendo archivos, salas de lectura, y exhibiciones especiales.
-Museo Mexicano: Fundado en 1975. Expresa la complejidad y riqueza del arte Latino a través de las Américas.
-Museo Italoamericano: Único museo en los EE.UU. dedicado exclusivamente al arte y cultura Italiano e Italo-Americano.
-Museo de Artesanías y Arte Folclórico: El MOCFA explora el arte funcional y contemporáneo en madera, arcilla, vidrio, fibra, y metal transformado en ropas, muebles, joyas, y vasijas.