La mejor manera de viajar a San Francisco desde cualquier continente es el avión. La ciudad cuenta con varios aeropuertos:
-Aeropuerto Internacional de San Francisco (SFO). Es el principal.Situado a 25 Km al sureste de la ciudad. Tiene una media de 1.000 vuelos al día. Se ofrecen vuelos con más de 20 aerolíneas domésticas y 25 internacionales.
-Aeropuerto Internacional de Oakland (OAK). A 32 Km del centro de San Francisco. Mayoritariamente recibe vuelos domésticos, aunque también tiene algún vuelo internacional. Funcionan sobre una docena de compañías aéreas.
Otros aeropuertos secundarios son: